Le musée comprend deux salles dont la plus grande abrite une collection de minéralogie systématique d'une exceptionnelle qualité. Environ 240 espèces minérales y sont présentées suivant une classification chimique et structurale. Les minéraux récoltés, principalement tout au long du XIXe siècle, proviennent de toutes les parties du monde (1 050 échantillons exposés). La seconde salle, ou salle de minéralogie rhénane, abrite les minéraux des régions du Rhin telles que Palatinat, Forêt Noire, Vosges et Alpes Suisses. On peut y voir de remarquables géodes d'améthystes d'Idar-Oberstein (Palatinat), des argents natifs, de la proustite et des minéraux rares d'arséniate de Sainte-Marie-aux-­Mines (Haut-Rhin), des fluorites dont une des plus grosses jamais découverte dans la vallée de la Kinzig (Forêt Noire) et des minéraux du célèbre gisement de Binn dans le Valais. Une collection de minéraux des Vosges, de fascinants spécimens de météorites ainsi que de très beaux instruments anciens de minéralogie et de cristallographie sont également exposés. Le Musée de Minéralogie de l'Université Louis Pasteur est un des plus importants de province par la richesse de ses collections (30 000 minéraux environ). Installé en 1890 dans les locaux de l'Institut des Sciences de la Terre, son rôle a été surtout associé à la recherche scientifique et à la formation des minéralogistes..